У нас сейчас объект - восстановление (трещины и сколы) фасадной плитки и борьба с высолами - здесь гидрофобизация! А если надо предотвратить выступление высолов  - это гидроизоляция и то, на этапе стрительства.

Попробую своими словами.

Гидроизоляция - перечень мероприятий направленных на максимально полное изолирование объекта от попадания воды. Как правило для гидроизоляции применяются материалы не подверженные растворению в воде, намоканию и имеющие очень узкие поры, не пропускающие воду. Основная задача гидроизоляции в строительстве, предотвратить попадание воды в материалы, подверженные разрушению как от воздействия самой воды, так и от побочных воздействий (грибки, гниение, микроповреждения при замерзании).
Гидроизоляция, блокирует движение не только воды, но ещё и пара.
Как правило, гидроизоляцию используют для: предотвращения проникновения грунтовых вод в фундамент, предотвращения движения влаги из фундамента в стены, предотвращения попадания воды в материалы крыш, предотвращения попадания влаги на металлические элементы конструкций.
В качестве материалов, для организации гидроизоляции, могут выступать: плёночные материалы, мастики, пропитки, глина, и другие материалы, не подверженные намоканию и растворению в воде.

Гидрофобизация - процесс придания неким материалам свойства отталкивать воду. Известный всем пример гидрофобизации - вощённая бумага. Как правило гидрофобизация применяется там, где нужно предотвратить негативное воздействие влаги на материал, без значительных изменений характеристик последнего (в основном касается внешнего вида).
Гидрофобизация, придаёт порам и капиллярам внутри материала свойства, благодаря которым, вода вытесняется из них, не впитываясь глубоко во внутрь. Однако при этом, гидрофобизаторы зачастую оставляют материал дышащим - способным к впитыванию и высвобождению влаги в парообразном состоянии.
Гидрофобизация применяется для: консервации фасадов (отсутствие движения воды в камне или растворе, не даёт воде вымыть и вынести на поверхность соли), обработке интерьерных элементов (например дерева), некоторых строительных процедурах (например грунтовки на основе акриловых эмульсий, обладают гидрофобизирующим действием, что не снижает адгезии, а добавки в бетон, делаю его устойчивым к влаге), при обработке тканей и волокон.
В качестве гидрофобизаторов используются: жидкое стекло, дисперсии, эмульсии и растворы на основе акрила, уретанов, силиконов, растворённые разновидности резины, каучука, пластмасс, смолы, масла, жиры, кремнийорганические жидкости, и наверное много чего ещё.

Главные различия в применении, заключаются в том, что гидроизоляция это нанесение относительно толстого слоя изолятора, а фобизация, это пропитывание (как снаружи, так и под давлением, из середины) материала фобизатором или добавление в материал, во время его изготовления (например при затворении бетона). В эксплуатации - в первом случае, мы имеем эксплуатационные характеристики именно изолятора, а во втором основного материала и пропитки.
Где и что использовать? Не логично было бы, покрывать фасад из клинкерного кирпича руберойдом )) а стык между бетонным фундаментом и кирпичом, просто грунтовкой (хотя и есть фобизаторы предназначенные для этого). Гидрофобизация, никогда не заменит, кровельную гидроизоляцию или наружную изоляцию фундаментов, но найдёт себе место в пропитке плиточных швов или натурального камня.

Эти материалы, нельзя сравнивать, так же, как нельзя сравнить пылесос и ротор, мотоцикл и танк, холодильник и криокамеру, сканер и фотоаппарат - каждый из них по своему хорош и может применяться в определённых условиях.